เนื้อเรื่องของเกมฮอกวอตส์ เลกาซีจะดำเนินอยู่ในช่วงปีทศวรรษ 1890 ผ่านตัวละครนักเรียนฮอกวอตส์คนหนึ่งที่เพิ่งได้เข้าเรียนในชั้นปีที่ 5 ซึ่งเป็นการเข้าเรียนที่ช้ากว่านักเรียนทั่วไป ตัวละครจึงได้รับตำราคู่มือปฏิบัติจากกระทรวงเวทมนตร์ โดยตัวละครจะได้เรียนรู้เวทมนตร์ต่าง ๆ ผ่านตำราเรียนนี้ไปพร้อมกับการได้รับทราบข้อมูลเพิ่มเติมจากการสำรวจโลกเวทมนตร์ ตัวละครที่ผู้เล่นจะได้ควบคุมนั้นมีความสามารถในการควบคุมเวทมนตร์โบราณลึกลับซึ่งอาจเป็นกุญแจสำคัญที่จะช่วยไขปริศนาเวทมนตร์อันลึกลับจากอดีตที่กำลังสั่นคลอนโลกเวทมนตร์อยู่ ตัวละครจะต้องหาคำตอบให้ได้ว่าเหตุใดเวทมนตร์ที่ถูกลืมนั้นถึงกลับมามีพลังขึ้นอีกครั้งอย่างฉับพลันและใครคือผู้อยู่เบื้องหลังความพยายามในการใช้งานเวทมนตร์นี้

ตัวละครเอกจะได้รับการช่วยเหลือจากศาสตราจารย์เอเลซาร์ ฟิก ผู้ที่จะคอยทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาให้กับตัวเอก โดยจะได้พบกับตัวละครใหม่อีกมากมายทั้งจากฮอกวอตส์และจากโรงเรียนเวทมนตร์แห่งอื่น ผู้เล่นยังจะได้พบเจอกับการผจญภัยและมิตรภาพกับเพื่อนนักเรียนที่จะร่วมเดินทางผจญภัยด้วยกัน โดยจะต้องต่อสู้กับตัวละครฝั่งตรงข้ามอย่าง แรนร็อก ผู้นำกลุ่มกบฏก็อบลิน และวิกเตอร์ รุกวูด ผู้นำกลุ่มพ่อมดศาสตร์มืด